Taman Nasional Wakatobi punya luas area sekitar 1.39 juta hektare. Secara umum, perairannya mempunyai konfigurasi mulai dari datar, melandai ke arah laut, dan bertubir curam. Karena kekayaan alam bawah laut, kawasan ini menyajikan panorama bawah laut begitu menawan dan bagus sebagai tempat kegiatan menyelam.
Ikan-ikan yang dapat di lihat di bawah lau wakatobi antara lain lion fish dan clown fish atau yang lebih dikenal dengan nemo. Jika beruntung, dapat melihat sperm whale, paus putih. Paus putih kerap singgah di Wakatobi ketika belahan bumi lain membeku. Sebab di Wakatobi melimpah akan alga, udang, dan plankton.

